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सोर्स कोड एक स्मार्ट एक्शन थ्रिलर फिल्म है। यह कहानी है कैप्टन कोल्टर स्टीवन्स (जेक गिलेनहाल) की जो आर्मी में हेलिकॉप्टर पॉयलट है। उसकी नींद एक ट्रेन में खुलती है जो शिकागो की ओर जा रही है। उसे याद नहीं है कि वह इस ट्रेन में कैसे पहुँचा। अब उसकी पहचान बदल गई है। वह अपने आपको दूसरे शरीर में पाता है। वह अचंभित है कि ऐसा कैसे हो गया। उसे याद है कि वह अफगानिस्तान में मिशन पर था और अपनी टीम के साथ दुश्मनों का मुकाबला कर रहा था। उसके बटुए में उसका नाम सीन फेनट्रेस लिखा हुआ है। उसके पास क्रिस्टिना वॉरेन (मिशेल) नामक महिला बैठी है जो उसे उसके नए नाम से जानती है। इसके पहले की वह कुछ याद करने की कोशिश करे ट्रेन में एक जोरदार धमाका होता है और ट्रेन पूरी तरह नष्ट हो जाती है।
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स्टीवन्स की आँख खुलती है तो वह अपने आपको एक चेम्बर में पाता है जहाँ कम्प्यूटर स्क्रीन के जरिये कैप्टन गुडविन (वेरा फर्मिगा) नामक एअर फोर्स ऑफिसर उसका स्वागत करती है। एक बार फिर स्टीवन्स के आश्चर्य का ठिकाना नहीं रहता। उसे बताया जाता है कि वह सोर्स कोड नामक एक प्रोग्राम का हिस्सा है जिसके जरिये वह किसी के भी शरीर में उसकी जिंदगी के अंतिम आठ मिनटों के लिए जा सकता है।
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स्टीवन्स को पता चलता है कि शिकागो जाने वाली जिस ट्रेन में वह बैठा था उसे बम के जरिये उड़ा दिया गया है। स्टीवन्स का काम है कि उस बम की तलाश करना, यह जानना कि बम के पीछे कौन लोग हैं? उनका क्या मकसद है? ये पता कर उसे गुडविन को सारी जानकारी देना है ताकि दूसरे बम धमाकों को रोका जा सके। स्टीवन्स एक बार फिर ट्रेन में था। वह बम का पता लगा लेता है जो बाथरूम में वेंटिलेशन शॉफ्ट के ऊपर था। सेलफोन डेटोनेटर के जरिये फिर बम विस्फोट किया जाता है। स्टीवन्स बार-बार उस घटना को जीता है और हर बार रहस्य को सुलझाने की कोशिश करता है।
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गुडविन और सोर्स कोड क्रिएटर डॉ. रुटलेज (जेफ्री राइट) उसे बताते हैं कि सोर्स कोड के जरिये वह अतीत में जा सकता है। वह अतीत में घटी घटना तो नहीं बदल सकता है, लेकिन जानकारी जुटाकर भविष्य में होने वाले हमलों को रोक सकता है। स्टीवन्स को समझ में नहीं आता है कि वह सोर्स कोड प्रोग्राम का हिस्सा कैसे बना? ये कौन लोग हैं जो उससे इस तरह का काम करवा रहे हैं? वह जिंदा है या मर चुका है। कई उतार-चढ़ाव इस कहानी में हैं जो रहस्य से परदा उठने के पहले आते हैं।