आज के बनारस पर आधारित फिल्म मसान में दो अलग कहानियां दिखाई गई हैं जो बाद में एक-दूसरे से मिले जाती हैं।
पहली कहानी देवी (रिचा चड्डा) की है। फिल्म देवी और उनके साथी छात्र पीयूष के एक होटल में एक साथ होने के दृश्य से शुरू होती है। दोनों तब सकते में आ जाते हैं जब पुलिस अचानक उनके कमरे में घुस आती है और उन पर गलत हरकतों में शामिल होने का इल्जाम लगाती है। इसके अलावा पुलिस दबाव डालकर देवी को अपना जुर्म कबूल करते हुए वीडियो भी बनाती है।
बाद में देवी और उसका परिवार पुलिस के द्वारा ब्लैकमेल किए जाते हुए दिखाए गए हैं खासतौर से इंस्पेक्टर मिश्रा जो देवी के पिता विद्याधर पाठक से एक बड़ी रकम रिश्वत के तौर पर मांगता है।
फिल्म की दूसरी कहानी में दीपक (विक्की कौशल) बनारस का रहने वाला एक अछूत जाति का छोटा लड़का है। उसकी जाति के कारण वह गंगा के घाट पर काम करने के लिए मजबूर होता है जिसमें मृत शरीर को जलाने और क्रिया कर्म का काम शामिल है। दीपक इस काम से नफरत करता है और इससे छुटकारा पाना चाहता है। दीपक की मुलाकात शालु (श्वेता त्रिपाठी) से होती है और दीपक को उससे मोहब्बत हो जाती है। परंतु उनका अलग अलग जातियों से होना कई सारे पारिवारिक और सामाजिक झगड़ों को जन्म देता है।