मछली जल की रानी एक हॉरर मूवी है। आयशा (स्वरा भास्कर) और उदय सक्सेना (भानु उदय) मुंबई में रहने वाले दंपत्ति है। उदय एक निजी कंपनी में मैकेनिकल इंजीनियर है और वह अपनी पत्नी और चार साल के बेटे सनी के साथ खुशहाल जिंदगी बिता रहा है।
एक दिन, जब वे दोनों एक पार्टी से घर की ओर लौट रहे होते हैं, तभी अचानक उनकी गाड़ी के पास एक एक्सीडेंट होता है। गाड़ी का ड्राइवर आयशा के सामने दम तोड़ देता है जिसे देखकर वह घबरा जाती है और तनाव में चली जाती है।
कुछ दिन बाद जब उदय का बॉस उसे जबलपुर की फैक्ट्री में मैनेजिंग की जॉब का ऑफर देता है, तो वह हां कर देता है। उसे लगता है कि इसके साथ ही आयशा नई जगह पर जाकर कुछ अच्छा महसूस करेगी।
जबलपुर पहुंचने पर उदय अपने काम में बिज़ी हो जाता है और अनजान शहर में सेटल होने के लिए कोशिश करता है। इस दौरान आयशा घर में किसी अनजान शख्स की मौजूदगी महसूस करने लगती है, जिसे उसके अलावा और कोई भी समझ नहीं पाता। उसका डर बढ़ता जाता है और वह अजीबो-गरीब व्यवहार करने लगती है।
