मोहेंजो दारो की कहानी लगभग 2016 ईसा पूर्व सिंधु घाटी सभ्यता के दौर में सेट है। आमरी से एक किसान सरमन (रितिक रोशन) सिंध के सबसे बड़े शहर मोहेंजो दारो में आता है।
एक हादसे में वह चानी (पूजा हेगड़े) नामक खूबसूरत लड़की को बचाता है। चानी 'सिंधु मां' की सेवा में है। 'सिंधु मां' नदियों की देवी है जो कृपा और आशीर्वाद का प्रतीक होने के साथ-साथ संस्कृति का केन्द्र है।
राजनीतिज्ञ महम (कबीर बेदी) और उसका बेटा मूंजा (अरुणोदय सिंह) मोहेंजो दारो पर अपना अधिकार और शासन शुरू करने वाले हैं। चानी को जीतने के लिए सरमन को महन को हराना होगा और अपने शहर को बचाने के लिए लोगों को जागरूक करना होगा।
